La paroisse Saint-Charles est fondée en 1908 par un décret de Mgr Duhamel. Elle sera confiée aux Pères Montfortains, qui avaient déjà la charge de la paroisse Notre-Dame-de-Lourdes, à Vanier.
L’histoire de la paroisse se confond avec celle de son premier curé résident, l’abbé François-Xavier Barrette. Il prendra les rênes de la paroisse en 1912 et ne la quittera qu’en 1961, un an avant sa mort. La paroisse Saint-Charles s’est développée à son initiative. Église, presbytère, salle paroissiale, écoles, organismes paroissiaux (dont le Cercle social Saint-Charles en 1931, les Scouts en 1932, les Louveteaux en 1939, la Ligue du Sacré-Cœur en 1940 et les Zouaves en 1955) sont le fruit du travail incessant de Mgr Barrette pour donner à la communauté francophone de Vanier des assises solides. Il ira jusqu’à financer et à acheter des maisons pour attirer des familles francophones à proximité de son église. En plus d’être un curé dévoué et un bâtisseur, Mgr Barrette est un ardent patriote. Il figure parmi les membres fondateurs de l’Ordre de Jacques-Cartier, une société « secrète » fondée en 1926 à Vanier pour faire avancer les intérêts des Canadiens français catholiques. Il sera nommé évêque par Pie XII en 1954.
Trois curés lui succéderont de 1961 à 1980, assurant pendant ces années une certaine stabilité à la paroisse. Mais l’exode des francophones vers la banlieue fera bientôt son œuvre. À la diversité ethnique et religieuse grandissante de la population de Vanier s’ajoute une baisse généralisée de la pratique religieuse chez les catholiques de la région. Une étude commandée en 2008 par l’archevêché conduit à la disparition de Saint-Charles en tant que paroisse. L’église, construite au moment de la fondation de la paroisse, est mise en vente. Désignée à l’initiative de paroissiens en vertu de la Loi sur le patrimoine de l’Ontario, qui permettra de protéger l'extérieur du bâtiment et de lui donner une nouvelle vie, l’église Saint-Charles restera un témoignage de la lutte des francophones pour faire de Vanier un lieu de vie français.